Ну снять флешь и убедиться в ее полной аппаратной исправности-дело минут, с бекапом, конечно, немного дольше. Но прошивка на кастом, предусматривает шифрование автоматом, не зависимо хотите вы этого или нет...через fastboot команду после кастома пробовали?fastboot format userdata?