Где именно находятся папки, в телефоне или на карте памяти? Решается твоя проблема обычным форматированием, только предварительно нужно скинуть всю информацию (которую получится) на комп (в крайнем случае, хотя бы названия папок (структуру папок). А то если телефон с картами GPS, то потом долго...