насчет com портов тут вы не правы QPST нормально работает со всеми портами, если тело определяется компом.
насчет JTAG не знаю не работал, тут ведь нужны программаторы, а это затратно и хлопотно я этим не занимаюсь.
вообще то читал что, в модуле ORT Tool версии 1.01 реализована поддержка...