Заставить прочитать все 8 мегабайт флешки удалось правкой flashinf.ini. Флешка S29GL064M90TF104 определяется как AMD(AM29DL320(G/M)B)Spension(S29JL032H)x16. Пришлось обманывать программу:
Строчку
0x01, 0x7E, 0x400000, 0x2000, 1, AMD(AM29DL320(G/M)B)Spension(S29JL032H)x16,
поправил на строку...