В заводской прошивке, выложенной здесь, содержится непосредственно прошивка, причем упакованная. В бекап bin содержится образ флешки целиком вместе с пользовательской зоной и пустотой. Дистрибутив Windows занимает намного меньше места, чем после установки занимает папка системы. А если делать клонирование винта, для дальнейшего восстановления системы, то такой клон вообще будет занимать места столько, каков объем диска. Вот и бекап bin - это посекторный клон флешки.
Заливать бекап bin проще SpiderMan, во FlashTool надо знать начальный адрес и размер.