Между коллектором мощного транзистора в цепи зарядки и плюсовым выводом разъёма батареи стоит измерительный резистор, с которого снимается 2 сигнала SENSE, с обеих концов резистора - один конец со стороны батареи, другой со стороны коллектора мощного транзистора в цепи зарядки.
Если этот низкоомный (доли ома) резистор изменил свой номинал, а такое встречается нередко, или сигналы прерваны, то будут проблемы с зарядкой, подобные описанным Вами.
Для начала замените измерительный резистор.