Что же, наконец-то у меня некий сдвиг в нужном направлении. Но по порядку.
1. В поддержке Зикселя ответили то, что я и ожидал - прошивка роутера просто передает команды модему и никаких ограничений в этом не имеет. На второй вопрос - возможность передачи команд в модем в любой момент, а не только на этапе инициализации модема - сначала тупо отправили на статью о передаче команд именно в момент инициализации. Когда я возмутился тем, что я спрашивал не про это, похоже взяли тайм-аут на размышления - почти 2 суток ничего больше не отвечают.
2.
vvevvevve, проверил Вашу версию о нескольких командах AT подряд. Так и думал, но убедился в том, что это не поможет - ведь в логах четко видно, что после любой команды модем отвечает или OK, или ERROR, как и после команды
AT+CFUN=1 - то есть, модему не нужно время, чтобы принять другую команду и после длительной
AT+CFUN=7 - выдал OK и сразу готов принять другую команду. Таким образом, все пустые
AT спокойно выдавали OK, а AT^SETPORT? после них всех - все тот же ERROR.
3. Но попутно прояснил количество возможных команд в прошивке v2 в процессе инициализации модема - не любое количество, как я думал - их может быть максимум 8 шт. - все остальные просто игнорируются.
4. И тут меня осенило - коли модем уже выполнил команду
AT+CFUN=1 - включил радиотракт, но потом другие команды не принимает, не нужно ли ему сначала выключить радиотракт -
AT+CFUN=7 - и уже потом команды предлагать? И ЭТО СРАБОТАЛО.

Действительно, при включенном радиотракте модем не хочет понимать больше ничего, кроме как того, что влияет на процесс установки коннекта. А вот после отключения радиотракта - извольте, ест любые другие команды. И как я раньше до этого не допер?
5.
vvevvevve, проверить Вашу версию о том, что после пропадания данных на границе 2 суток вполне может быть достаточной перерегистрация модема в сети Мегафона, при таком способе передачи команд модему - через инициализацию - пока не получится. Дело в том, что, как Вы и сказали, при попытке зарегистрироваться в сети МТС с симкой от Мегафона, модем возвращает ошибку. А скрипт инициализации pppd работает так, что, после получения ошибки от модема, скрипт прекращает свою работу, pppd перезапускается полностью и, как следствие, дело до второй команды - регистрация уже в сети Мегафона - просто не доходит. Вот когда сделаю уже рабочий telnet-скрипт (алгоритм работы которого описывал пару дней назад), вот тогда уже и проверю Вашу версию полностью.
6. Зато команды программной перезагрузки модема срабатывают "на ура" - проверено - и очередное большое спасибо Вам за них. Теперь уже не нужно ручками передергивать модем из хаба, достаточно его перезагрузить, коннект устанавливается, и данные снова идут.
Таким образом, мою проблему можно считать решенной "through the ass"

- найти бы способ обходится без перезагрузки роутера (да еще и двойной). Не говоря уже о том, что Мегафону неплохо бы поправить свою консерваторию. Но мечты, мечты... разве эдакую махину сдвинешь?